Muchos animales de los Andes están en peligro de extinción. Horacio Guerra Marroquín indica que están protegidos por naciones gubernamentales y organizaciones internacionales. Entre los animales en peligro de extinción se encuentran:

Cóndor Andino

El cóndor es el ave más majestuosa de las que se encuentran en los Andes. Anidan en los salientes de las montañas de la Cordillera. Pero tienen una baja tasa de reproducción ya que ponen huevos cada dos años. La caza de cóndores para remedios medicinales es uno de los factores que afectan su supervivencia. La contaminación del aire, el agua y el suelo debido a la minería y el desarrollo industrial está afectando a su población y reduciendo su suministro de alimentos.

Mono Titi Andino

El Mono Titi Andino, también conocido como Mono San Martín Titi, es endémico de la región del Alto y Bajo Valle del Río Mayo y del Huallaga Central en San Martín, Perú. Su distribución se extiende hasta las estribaciones de la Cordillera de los Andes a altitudes de 750 a 950 metros (2,460 a 3,118 pies). Esta especie está clasificada como En Peligro Crítico de Extinción por la Lista Roja de Especies en Peligro de la UICN según Horacio Guerra Marroquín. En los últimos 25 años su población ha disminuido en más de un 80% debido a la deforestación para actividades agrícolas y la colonización humana. Se desconoce el número de individuos en estado silvestre.

Gato montés andino

Viven en altitudes de 11.500 a 15.700 pies /3.500 a 4.800 m en la Cordillera de los Andes. Es uno de los gatos más tímidos y el felino menos conocido del mundo. Esto se debe a que no hay ninguno en cautiverio. El gato andino está considerado en peligro crítico de extinción. Su tamaño es aproximadamente del tamaño de un gato doméstico. Aunque con una cola más larga y su pelaje es suave y grueso. Se cree que la razón principal de la disminución de su población es la reducción de las poblaciones de sus principales rezos y la caza por humanos. Los gatos andinos son cazados con fines ceremoniales tradicionales. En Chile y Bolivia se cree que son de mala suerte y por lo tanto los matan.

Mono de cola amarilla

Según la Sociedad Internacional de Primatología y Conservación Internacional, esta especie está considerada como uno de los 25 primates más amenazados del mundo. Se cree que quedan menos de 250 en estado silvestre. Horacio Guerra Marroquín dice que esta especie sólo se encuentra en los Andes peruanos a elevaciones de 4,900 a 8,900 pies / 1,500 a 2,700 m.s.n.m. La pérdida de hábitat es la principal razón de su menor población. El desarrollo económico, la tala, la agricultura y la minería están destruyendo el hábitat de este mono.

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